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因为明朝迁都之后，南京的宫殿几乎就没什么大笔经费维护了，加上天灾（雷击），战火等，最后就几乎都坍塌了。

一、南京明故宫

草根皇帝朱元璋，建立大明朝时定都在南京，不过这段时间并不是很长，朱元璋去世之后，皇太孙朱允炆继位，可惜在位的时间很短，只有4年，江山就被他叔叔，燕王朱棣抢去了。朱棣在北平起兵造反，一路打到南京，最终夺了他侄子的皇位。但是，朱棣这皇位得来的名不正言不顺，自己也心虚，就不想在南京久居，还是回自己的大本营——北京比较心安。

在南京总是感觉有些不自在朱棣，不久之后就以天子守国门的名义，将都城从南京迁到自己的大本营北京去了。这样，南京的宫殿就空下来了，但是皇宫又不是别人可以住的，空的宫殿只能维护。

二、南京故宫空置失修，坍塌损坏。

现在北京的故宫还保存完好，但是当年的南京的明故宫却已经基本上不存在了。这是因为中国古代的建筑都是以木质的为主，所以往往需要大量的人力物力来进行维护。而皇宫建筑一般规模都非常大，需要的维护人力物力都是非常巨大的。

如果都城一直在南京的话，南京的明故宫肯定能够完整地保留下来。但是朱棣将东城迁往北京之后，南京的明故宫就处于一种荒废的状态了。皇宫既不能随便给别人居住，里面又空置，我们知道，房子一旦空置，就很容易损坏，南京故宫维护的费用都是非常巨大的。

南京虽然还有一些留守的官员，但是国库也不可能拔出如此巨大的经费，来维持一个并不使用的皇宫。到了明英宗的年代的时候，由于雷击造成明故宫的失火，再加上无人看管，最终明故宫被毁掉了将近1/3。 到了明朝末年的万历时代，南京的明故宫事实上大部分都已经坍塌了，已经很难再作为一个宫殿来使用。

后来满清入关，明朝灭亡，大清任然定都北京，继续使用明朝留下来的皇宫，但是南京的明故宫和满清没有任何渊源，满清自然也不会去管位于南京的明故宫了，所以就更没有人去看管了。

1851年，金田起义爆发，天平天国一路攻进南京，明故宫又遭到战火的焚毁，基本上已经不存在了。而北京的故宫由于满清一直在使用，后来历次战争也没有人敢焚毁故宫，所以北京的故宫至今依然保存完好。

总结：南京的明故宫，由于首都的变迁，再加上历次战火的破坏，所以在清朝末年已经基本上不存在了，现在在南京城里只有一个明故宫遗址而已

因为太平天国定都南京，所以明故宫被毁。

清朝咸丰三年3月29日，太平天国定都南京，改名天京，但没有使用南京故宫作为宫殿基址，而是在两江总督府衙旧址的基础上修建新宫，此间拆取南京故宫大量石料和砖瓦。至太平天国灭亡时，南京故宫的宫殿和宫墙已基本无存。

清朝同治三年7月19日，天京失守，随后湘军攻破天京后，太平军放火烧城，湘军在大肆抢劫后也到处纵火，南京故宫再次遭到破坏。

明故宫的建筑特色：

南京故宫的建设根据中国古代都城营造传统的“堪舆术”。在“中国即天下，天下即中国”传统政治理念的影响下，中国古代天文学家，根据对天象星座的长期观察，将环绕北极和比较靠近中国周围上空的星象，分为三垣、二十八宿。

所谓“三垣”，是指环绕在北极和比较靠近头顶天空的星象，分紫微、太微和天市三区，由于各区都有东西两藩的星，围绕成城垣的样子，故称“三垣”。